Fujimura 1983-ban diplomázott a Bucknell Egyetemen művészet, etológia és kreatív írás szakon. Ezután hagyományos japán festészetet tanult a Tokiói Művészeti Egyetemen Kazuho Hieda vezetésével. 1989-ben meghívást kapott, hogy folytassa tanulmányait a nihonga, egy ősi japán festészeti stílus doktori szintű képzésén Matazō Kayama nihongamester irányításával. Ő volt az első nem japán állampolgár, akit felvettek ebbe a doktori programba. Műveit a világ jelentős múzeumaiban és galériáiban állították ki, a többi között az Egyesült Államokban, Japánban, Tajvanon, Izraelben, az Egyesült Királyságban, Kínában és Hongkongban. 1992-ben, harminckét éves korában került be egy műve a tokiói Kortárs Művészeti Múzeumba, ezzel ő lett a legfiatalabb művész, akinek a neves intézmény megvásárolta egy művét. Őt tartják a „lassú művészet” (slow art) mozgalom vezető alakjának, s nevéhez fűződik a „kultúraápolás” (culture care) és „az alkotás teológiája” (theology of making) fogalmának bevezetése.