Sárospatakon már a reformáció előtt magas szintű iskolázás folyt, amit Szalkai László későbbi esztergomi érsek diákkori jegyzeteinek gyűjteménye (Szalkai-kódex) is bizonyít. A protestáns iskolázás ezeken a középkori alapokon indult el, a hagyomány szerint 1531-ben. Az oktatás kezdetben a plébániatemplom közelében lévő épületben folyt, a források szerint 1567-ben a protestáns iskola már a város falain kívül, a ferences kolostorral szemben lévő épületben működött. Az iskolát a reformáció tanaival rokonszenvező Perényi Péter, majd fia, a szigorú lutheránus Perényi Gábor támogatta. Első ismert tanára Kopácsi István, akit 1549-ben hívtak meg Nagybányáról, és aki a város lelkipásztora is volt.

Az intézménynek ezekben az években már neves, Krakkót, Wittenberget és Páduát járt tanárai voltak: Thúri Farkas Pál, Szikszai Fabricius Balázs, Balsaráti Vitus János és mások. Általában azt mondhatjuk, hogy a humanista kegyesség jegyében működő iskola akadémiai gimnázium volt, azaz a gimnáziumra épülő felső tagozatán teológiát lehetett tanulni. Perényi Gábor halála után Dobó Ferenc, az egri hős, Dobó István fia, valamint felesége, Kerecsényi Judit jelentős patrónusi szerepet vállaltak, s bőkezűen támogatták az intézményt. Az iskolának más rangos támogatói is voltak, akik egy-egy pataki diák tanulását fedezték, mint a Mágocsyak, Ecsedi Báthory István, Forgách Simon, Thököly Sebestyén vagy Rákóczi Zsigmond. Hírét Forgách Ferenc nyitrai katolikus püspök 1603-ban kelt szavai fémjelzik igazán: „Patak az egész”.