A Heidelbergi Káté 88. kérdés-felelete szerint az ember megtérése az az igazi bűnbánat, amely két részből áll, az óember megöldökléséből és az új ember megelevenítéséből. A választott bibliai bizonyító apparátus (Róm 6,4–6; Ef 4,22–24; Kol 3,5–10; 1Kor 5,7) jelentős része az újjászületés-textusok között is szerepel, nem véletlen tehát, hogy majdnem ugyanannyi igés szerkezet hangsúlyoz bennük isteni cselekvést, mint amennyi emberit.

Újjászületésen így az ember egész belső lelki életének és hozzáállásának azt a csodálatos és misztikus átalakulását érthetjük, amelynek eredménye a krisztusi élet magasabb és tisztább lelkiségének kibontakozása. Ennek pszichológiai aspektusait vizsgálva minden emberi megközelítésnek meg kell hajolnia azon teológiai magyarázat előtt, miszerint az újjászületés szuverén kegyelmi tényként végső soron szupranaturális valóság.

A keresztyén hit védelme a Krisztus feltámadása kérdésében című 1863-as munkájában Filó Lajos saját teológiai módszerét formálisan ortodoxnak nevezte. A nagykőrösi református lelkipásztor annyiban ragaszkodott az ősi református tantételekhez, amennyiben a tudományt nem állította szembe a hittel, még kevésbé a hit fölé. Véleménye szerint csak keresztyén hívő lehet teológus, aki hiszi a kijelentést, és mint ilyen használja az eszét és a tudomány adta lehetőségeket.